SMART-seq2 MALBAC-seq ScMeRIP-seq ScWGBS sc-G&T-seq |
SMART-seq2微量样品转录组测序
服务内容与技术流程：
技术参数：
所需样本要求 | 1-1000个细胞 | 推荐测序数据量* | 3-8G/sample |
10pg-10ng total RNA | 项目周期 | 35天 | |
分析内容 | 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理； 2、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估； 3、参考基因组mapping，默认使用GRCh37为参考序列，基因组结构注释文件和功能注释文件默认使用常用GTF文件； 4、基因表达水平分析： 4.1 基因表达定量分析； 4.2 样本间PCA分析（≥4个样本） 5、差异表达分析及功能注释（≥2个样本） 6、富集分析 6.1 差异表达基因的GO生物学功能富集分析； 6.2 差异表达基因的KEGG信号通路富集分析； 6.3 差异表达基因的reactome富集分析 7、可变剪切分析与可变剪切事件筛选 8、SNP、InDel分析统计 9、融合基因分析（非标准分析项） | ||
*测序费用与测序数据量相关
优势与应用：
1、解决微量样品转录组测序建库量不够的难题，如流式下来的微量细胞群、穿刺样本、生殖医学研究、激光显微切割单细胞样本等。实现10pg-10ng级RNA的高通量测序；
2、SMART-seq2测序覆盖mRNA全长信息，相比10X Genomics类高通量单细胞捕获系统只检测mRNA 3’末端的~90bp的区域，检出基因数更高、基因结构变化信息更丰富，细胞进行分群更精准；得益于此，它还可以用于分析可变剪接、RNA层面的SNP/InDel、融合基因等信息。
3、SMART-seq2属于低通量转录组，结果可靠，可用于10XGenomics、BD等高通单细胞测序后，具体某类细胞群功能深度探究工作。
部分结果展示：
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